微波治疗仪基本用途就是微波理疗和微波治疗，已经非常普遍地运用于各级医疗机构。

微波理疗是指将仪器产生的微波通过理疗头输出到待理疗的组织，由于微波能直接穿透到待治疗组织的内部，引起组织内的水分子、离子等高速旋转和振荡，从而产生大量热量。其基本机理就是通过提升人体局部组织的温度，使该组内的血管扩张，继而打通毛细血管，提高血液灌注。因此微波理疗就是通过改善血液循环，促进炎症吸收和组织细胞的新陈代谢，具有消炎、消肿、除痛和修复受损细胞功能的作用； 微波治疗是指将微波治疗仪产生的微波能量，通过输出面积很小的治疗头输出到人体局部组织，由于输出的微波能量密度很高，能迅速将被接触的组织的蛋白凝固，使该组织蛋白变性坏死，具有无炭化、无溅射和创面可控的特点，因此被广泛地运用于妇科、皮肤科、耳鼻喉科的电烧手术中。